| Adslev Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1071, 9.9931 |
| Alfaders Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0883, 9.7172 |
| Alling Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1106, 9.7345 |
| Bakkely Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0347, 9.9533 |
| Ballen Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1189, 9.8641 |
| Balleskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0943, 9.8900 |
| Bjergskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune, Horsens Kommune | 56.0117, 9.8019 |
| Blegindmose Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0647, 10.0584 |
| Bomholt Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1235, 9.7330 |
| Borum Møllebæk | Vandløb | Skanderborg Kommune, Aarhus Kommune, Favrskov Kommune | 56.1959, 9.9810 |
| Brørup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9808, 9.9248 |
| Dambæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0672, 9.8050 |
| Dunmose Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1864, 9.8730 |
| Dybdal Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0670, 9.9620 |
| Dørup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0296, 9.7847 |
| Dørup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune, Horsens Kommune | 56.0159, 9.7600 |
| Egely Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9868, 9.8839 |
| Egholm Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0301, 9.9171 |
| Elbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0066, 9.9949 |
| Elleskovhuse Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1499, 9.8535 |
| Elling Bæk | Vandløb | Horsens Kommune, Skanderborg Kommune | 55.9645, 9.8366 |
| Fejenseng Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9899, 9.9586 |
| Firgårde Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0939, 9.8121 |
| Firgårdeskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0943, 9.8083 |
| Fladskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1102, 9.8429 |
| Forlev Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0587, 9.8989 |
| Forlevmølle Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0598, 9.9100 |
| Gammel Rye Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0717, 9.6962 |
| Gedved Mølleå | Vandløb | Horsens Kommune, Skanderborg Kommune | 55.9432, 9.8591 |
| Gjesing Å | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9880, 10.0062 |
| Gudenå | Vandløb | Silkeborg Kommune, Horsens Kommune, Hedensted Kommune, Skanderborg Kommune, Randers Kommune, Viborg Kommune (+2) | 56.1187, 9.7063 |
| Havreballe Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9948, 9.8801 |
| Hede Mølleå | Vandløb | Horsens Kommune, Skanderborg Kommune | 55.9828, 9.9899 |
| Hejbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1787, 9.8749 |
| Hem Midtergrøft | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0299, 9.7867 |
| Herskind Grøft | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1805, 9.9617 |
| Hjarsbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0702, 9.6625 |
| Holmsbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1079, 9.8065 |
| Holtsbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0365, 9.9689 |
| Horndrup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9921, 9.8408 |
| Horndrup Å | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9968, 9.8656 |
| Hulbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0624, 9.7825 |
| Hvolbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0112, 10.0066 |
| Hylke Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0008, 9.9269 |
| Hyltebæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1181, 9.8715 |
| Høløkke Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.2067, 9.9576 |
| Hømose Grøft | Vandløb | Skanderborg Kommune, Favrskov Kommune | 56.2103, 9.9093 |
| Hørslev Bæk | Vandløb | Aarhus Kommune, Skanderborg Kommune | 56.1646, 9.9691 |
| Høver Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1409, 9.8947 |
| Illerup Å | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0519, 9.8928 |
| Javngyde Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1210, 9.8094 |
| Jeksen Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0976, 9.9828 |
| Jordbjerg Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0024, 9.9040 |
| Kirkebæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0809, 9.8079 |
| Knudhule Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1038, 9.7865 |
| Knudå | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1037, 9.8237 |
| Korskær Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune, Silkeborg Kommune | 56.1444, 9.7596 |
| Krobækken | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1450, 9.8963 |
| Kærsmølle Bæk | Vandløb | Silkeborg Kommune, Skanderborg Kommune | 56.1329, 9.7330 |
| Langballe Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune, Horsens Kommune | 55.9861, 9.9351 |
| Langdal Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0707, 9.8491 |
| Langvad Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1466, 9.8165 |
| Lille Tåning Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9977, 9.8341 |
| Lindal Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0663, 9.8733 |
| Linå | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1485, 9.7733 |
| Lomands Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0453, 9.8955 |
| Lundmose Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1380, 9.9211 |
| Lundumskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0040, 9.8324 |
| Lyngbygård Å | Vandløb | Skanderborg Kommune, Aarhus Kommune, Silkeborg Kommune | 56.1675, 9.9245 |
| Mariemunde | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0957, 9.7432 |
| Marskendal Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0853, 9.8311 |
| Maskenkol Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1038, 9.7537 |
| Mesing Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0621, 9.9433 |
| Monnes Å | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0535, 9.8317 |
| Mosagergrøften | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1549, 9.9528 |
| Mosbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1066, 9.9152 |
| Munkekanalen | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0457, 9.7691 |
| Møgeleng Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1213, 9.9375 |
| Nørre Vissing Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1200, 9.8328 |
| Rensløkke Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0004, 9.9170 |
| Rindelev Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune, Odder Kommune, Aarhus Kommune | 55.9969, 10.0373 |
| Ringkloster Å | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0097, 9.9627 |
| Ris Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9682, 9.8530 |
| Ryvads Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1070, 9.9037 |
| Rødemølle Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0150, 9.9837 |
| Rødkilde Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0166, 9.8285 |
| Saksballe Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0052, 9.8537 |
| Salten Å | Vandløb | Silkeborg Kommune, Horsens Kommune, Skanderborg Kommune | 56.0595, 9.5762 |
| Sjelle Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1741, 9.9370 |
| Skanderup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0372, 9.9297 |
| Skivholmeskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.2140, 9.9601 |
| Skvætmølle Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0387, 9.9398 |
| Skæggeskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1170, 9.7707 |
| Skærbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1169, 9.8980 |
| Skærså | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0750, 9.7742 |
| Skørring Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1793, 9.9137 |
| Skørring Overskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1950, 9.8868 |
| Slyngborg Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9998, 9.9079 |
| Smedebæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0947, 9.7127 |
| Smedskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1635, 9.9227 |
| Sommerbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0771, 10.0283 |
| Sophienlund Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9904, 10.0270 |
| Sortholm Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9988, 9.8512 |
| Stabelbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1040, 9.9075 |
| Stabelbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0871, 9.9110 |
| Stovsto Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1606, 9.8437 |
| Svejldal Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1267, 9.8408 |
| Svejstrup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0646, 9.8358 |
| Sylpøt Rende | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0159, 9.8490 |
| Søballe Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0238, 9.8224 |
| Sønderbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0323, 9.9823 |
| Tebstrup Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9665, 9.8790 |
| Teglum Bæk | Vandløb | Horsens Kommune, Skanderborg Kommune | 55.9863, 9.9619 |
| Toftholm Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0168, 9.9925 |
| Tåning Å | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0379, 9.8223 |
| Ustrupskov Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 55.9888, 9.9523 |
| Venge Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.1036, 9.8776 |
| Vitved Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0434, 10.0490 |
| Vrold Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0259, 9.8980 |
| Åbæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0552, 9.8273 |
| Århus Å | Vandløb | Aarhus Kommune, Skanderborg Kommune | 56.1419, 10.0730 |
| Æbleskovgård Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0082, 9.8888 |
| Æske Bæk | Vandløb | Skanderborg Kommune | 56.0387, 9.9074 |